Błąd:
ERROR 1356 (HY000): View 'mysql.user’ references invalid table(s) or column(s) or function(s) or definer/invoker of view lack rights to use them

Na włączonej usłudze należy wykonać polecenie:
mysql_upgrade -u root -p

To wywołanie zwróciło informacje, że silnik bazodanowy jest aktualny. Aby naprawić bazy należy dodać przełącznik –force. Całe polecenie, które rozwiązało mój problem wyglądało następująco:

mysql_upgrade -u root -p –force